Kerajaan Pajang
Setelah Adiwijoyo memindahkan pusat pemerintahan ke Pajang maka berakhirlah kerajaan Demak dan mulailah kerajaan Pajang. Pengangkatan Adiwijoyo sebagai raja pertama kerajaan pajang dikukuhkan oleh Sunan Giri. Setelah penobatan itu maka segeralah adipati- adipati di Jawa Tengah dan Jawa Timur mengakui kekuasaan Pajang. Tokoh yang banyak berjasa dalam memerangi Aryo Penangsang dan berjasa dalam pendirian kerajaan Pajang adalah Kyai Ageng Pemanahan. Sebagai imbalan atas kebaikannya itu Kyai Ageng Pemanahan di beri hadiah Daerah Mataram (daerah sekitar Kotagede, Yogyakarta) untuk pemukiman; sehingga Kyai Ageng Pemanahan kemudian terkenal dengan sebutan Kyai Gede Mataram.
Setelah mendapatkan daerah Mataram; Kyai Ageng Pemanahan kemudian membangun daerah itu sehingga dalam waktu tidak lama telah menjadi hunian yang sangat ramai. Namun pada tahun 1575, Pemanah meninggal dunia, sehingga usahanya dilanjutkan oleh anaknya yang bernama Sutowijoyo. Penggantinya tersebut adalah seorang yang gagah berani dalam peperangan sehingga beliau terkenal dengan sebutan Senopati ing Alaga; suatu sebutan untuk panglima perang.
Pada 1582 Adiwijoyo meninggal dunia; maka segeralah terjadi perubahan. Anaknya yang bernama pangeran Benowo, disingkirkan oleh Aryo Pangiri (dari Demak), kemudian dijadikan adipati di Jipang. Aryo Pangiri kemudian menjadi Raja di Pajang; melanjutkan darah Demak. Namun Raja baru tersebut tidak disukai oleh berbagai pihak. Sutowijoyo kemudian menunjukan tidak patuh pada Pajang; ditujukan dengan ketidak hadiran Sutowijoyo dalam pesowanan di Pajang sampai selama 3 tahun; berarti Mataram menentang Pajang. Kemudian kesempatan yang baik ini kemudian dipergunakan oleh Pangeran Benowo untuk mengalahkan Aryo Pangiri. Pajang kemudian menyerang Mataram. Dalam pertempuran itu terjadi dio Prambanan, tentara Pajang terdesak; Aryo Pangiri kemudian meloloskan diri ke Tembayat (Klaten), dan kemudian meninggal dunia. Dengan beraliasi dengan Mataram (Sutowijoyo) tersebut berarti Pangeran Benowo berhasil mengalahkan Aryo Pangiri. Dalam peperangan tersebut peranan Sutowijoyo adalah sangat besar. Beliau dianggap sebagai tokoh yang sangat menentukan dalam peperangan. Oleh karena kehebatan tersebut, maka Sutowijoyo kemudian terkenal dengan sebutan Senopati ing Alaga (Senopati). Pangeran sadar bahwa dirinya tidak akan mampu menghadap Mataram. Oleh karena itu kekalahan Aryo Pangiri kemudian pusat kerajaan dipindahkan ke Mataram. Dengan demikian berakhirlah kerajaan Pajang dan dimulailah Kerajaan Mataram. Pangeran Benowo sendiri kemudian bertapa di Gunung Kukalan; kemudian terkenal dengan sebutan Sunan Parakan (Kendal). Pada 1624 Mataram berhasil menguasai Madura; dan kemudian mengangkat Adipati Sapang menjadi Adipati Madura dengan gelar Pangeran Cakraningrat I. Dengan penaklukan Madura tersebut, surabaya terjepit dan mengalami kesulitan dalam menghadapi Blokade Mataram. Oleh karena itu Surabaya meminta bantuan kepada Kompeni (Belanda); Mataram berpura-pura meminta bantuan Kompeni untuk mengetahui sikap Kompeni itu terhadap pertentangan Mataram dengan Surabaya. Dalam tahun 1625 Surabaya akhirnya terpaksa harus mengakui kekuasaan Mataram.
Dengan penguasaan-penguasaan sebagai mana mestinya dalam ulasan diatas maka Mataram telah berhasil menguasai daerah Jawa Tengah, Jawa Timur (kecuali Blambangan), dan Sukadana di Kaliamantan, di bawah panji-panji Mataram. Persatuan itu di perkuat oleh politik Sultan Agung dengan mengikat para Adipatinya dengan tali Perkawinan dengan putri-putri Mataram. Sultan Agung sendiri kemudian memperistri putri Cirebon sehingga daerah itupun dikuasai Mataram.
